Αρνήθηκε τις κατηγορίες που του αποδίδονται για κακοποιήσεις και τιμωρητικές συμπεριφορές σε δομές της Κιβωτού του Κόσμου ο πατέρας Αντώνιος που απολογείται αυτή την ώρα στο Τριμελές Πλημμελειοδικείο.
Ο ιδρυτής της οργάνωσης έκανε λόγο για καθοδηγούμενες καταγγελίες από ανθρώπους που ήθελαν να καταστρέψουν το έργο της Κιβωτού, τις οποίες τοποθέτησε στη «σφαίρα της φαντασίας». «Τα παιδιά καθοδηγήθηκαν από κάποιους για να κάνουν αυτές τις καταγγελίες. Εγώ τους συγχωρώ γιατί τα έχω μεγαλώσει, έχω κουραστεί, έχω κοπιάσει, έχω δώσει το είναι μου κι εγώ και η πρεσβυτέρα και οι άλλοι άνθρωποι της «Κιβωτού». Σώσαμε πολλά παιδιά από φυλακές, βοηθήσαμε να σταθούν αυτά τα παιδιά και χρησιμοποιήθηκαν εναντίον μας για να μας καταστρέψουν, ενώ εμείς λειτουργούσαμε ως κυματοθραύστης» είπε μεταξύ άλλων ο κατηγορούμενος ιερέας κάνοντας λόγο για καταγγελίες επιστημονικής φαντασίας.
«Οι καταγγελίες για εξαντλητικές εργασίες είναι στη σφαίρα της φαντασίας. Το ίδιο και οι καταγγελίες για τους ξυλοδαρμούς. Εγώ θα μπορούσα να δώσω τέτοιες εντολές, είχα εγώ πειθήνια όργανα; Όλα αυτά έρχονται κόντρα στις αξίες μου και ως ιερέα και ως άνθρωπο, έρχονται κόντρα και στις αξίες της Κιβωτού» ανέφερε.
Κατά την έναρξη της απολογίας του αναφέρθηκε στην δημιουργία της οργάνωσης λέγοντας πως το έναυσμα ήταν η νεανική εγκληματικότητα στην περιοχή που διορίστηκε ιερέας. «Το 1998 κλήθηκα να υπηρετήσω ως ιερέας στην Ακαδημία Πλάτωνος μιας περιοχής με υψηλά ποσοστά νεανικής εγκληματικότητας και αποφάσισα να δημιουργήσω την «Κιβωτό του Κόσμου». Ύστερα από σκέψη και προσευχή δημιουργήσαμε ομάδες μπάσκετ για να εντάξουμε τα παιδιά σε ένα χώρο. Κατάλαβα ότι το ποίμνιο μου ήταν αυτό που ήταν έξω από την εκκλησία και όχι μέσα. Αντέδρασα με το δικό μου τρόπο, κάτι έπρεπε να γίνει. Εντάξαμε πολλά παιδιά μέσω των πρωταθλημάτων στο σχολείο. Πολλά από αυτά τα παιδιά δεν πήγαιναν σχολείο. Η οργάνωση ονομάστηκε «κιβωτός» γιατί είχε την έννοια του καταφυγίου. Το 2003 αποφασίσαμε να φτιάξουμε την Κιβωτό για να εντάξουμε περισσότερα παιδιά».
Ο ίδιος υποστήριξε πως δεν ασχολούνταν με το διοικητικό κομμάτι της οργάνωσης και ο ρόλος του ήταν μόνο πνευματικός. «Το πρόγραμμα το καθόριζε ο διευθυντής κάθε δομής. Το γεωργικό σχολείο ήταν μια ώρα θεωρία και μια πρακτική. Δεν υπήρχε καταναγκαστική εργασία. Δεν υπήρχαν αυτές οι κακοήθειες και οι πρακτικές που είναι εκτός των αξιών μου και των εθελοντών μας».