Το Συμβούλιο της Επικρατείας, για λόγους δημοσίου συμφέροντος, απέρριψε την επιστροφή της Κιβωτού του Κόσμου στον πατέρα Αντώνιο και την πρεσβυτέρα του.
Η κοινή αίτηση της Σταματίας Γεωργαντή και της Δέσποινας Παπανικολάου, πρεσβυτέρας και μητέρας του πατέρα Αντώνιου, ζητούσε να ακυρωθούν οι υπουργικές αποφάσεις με τις οποίες διορίστηκε προσωρινή διοίκηση και παρατάθηκε η θητεία της στην αστική μη κερδοσκοπική εταιρεία (ΑΜΚΕ) «Κιβωτός του Κόσμου».
Στο ανώτατο δικαστήριο είχαν προσφύγει η πρεσβυτέρα Σταματία Γεωργαντή και η μητέρα του πατρός Αντωνίου, ως τα δύο μοναδικά μέλη του ΔΣ της ΑΜΚΕ «Κιβωτός του Κόσμου». Η υπόθεση απασχόλησε το Δ΄ Τμήμα του ΣτΕ, το οποίο απέρριψε τις αιτήσεις ακύρωσης που αφορούσαν και τον αρχικό διορισμό και την παράταση της προσωρινής διοίκησης.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας για λόγους δημοσίου συμφέροντος, απέκλεισαν κάθε ενδεχόμενο να επιστρέψει η «Κιβωτός του Κόσμου» στα χέρια της οικογένειας του πατέρα Αντωνίου, τονίζοντας μεταξύ άλλων ότι «το μέτρο του ορισμού προσωρινής διοίκησης, το οποίο συνιστά επέμβαση στην αυτονομία των νομικών προσώπων, επιβάλλεται για λόγους δημοσίου συμφέροντος, συνιστάμενους στη διασφάλιση του απαιτούμενου επιπέδου περίθαλψης και μεταχείρισης των ωφελουμένων και ανάγεται στο πλαίσιο της κρατικής εποπτείας επί των επί των φορέων αυτών και της συνταγματικής υποχρέωσης του κράτους να λαμβάνει τα απαιτούμενα μέτρα για την προστασία της παιδικής ηλικίας και της νεότητας».
Η παράταση της προσωρινής διοίκησης, σύμφωνα με την απόφαση του ΣτΕ, αποσκοπεί «στην ικανοποίηση του συμφέροντος τόσο των ωφελούμενων προσώπων όσο και του ίδιου του φορέα, προκειμένου να διασφαλιστεί η ομαλή λειτουργία του, έως ότου οι συνθήκες επιτρέψουν την ανάδειξη νέας αξιόπιστης διοίκησης από τα καταστατικά του όργανα», εξάλλου αυτό είναι μέτρο «εξαιρετικού προσωρινού χαρακτήρα».
Τελικά, το ΣτΕ απέρριψε ως αβάσιμους όλους τους ισχυρισμούς που προβλήθηκαν και έκρινε ότι οι προσβαλλόμενες αποφάσεις είναι «νόμιμες και επαρκώς αιτιολογημένες».
Η «Κιβωτός του Κόσμου» είχε διοικητικό συμβούλιο που απαρτιζόταν από δύο μόνο μέλη και έναν επίτιμο πρόεδρο, ο οποίος ήταν ο πατέρας Αντώνιος. Το ένα μέλος του διοικητικού συμβουλίου και πρόεδρός του, ήταν η πρεσβυτέρα, Σταματία Γεωργαντή, η οποία κατείχε το 50% και το υπόλοιπο 50% ήταν στο όνομα της 88χρονης σήμερα μητέρας του πατέρα Αντώνιου, Δέσποινας Παπανικολάου.