Στο σκάφος, κατά την περίοδο που μεσολάβησε από την άφιξή του στην Ελλάδα στις 21 Δεκεμβρίου, φορτώθηκε οπλισμός και ελέγχθηκαν τα συστήματά του, ενώ το πλήρωμα έκανε και εν όρμω εκπαίδευση. Κατά την 6ήμερη εκπαίδευση στο Μυρτώο Πέλαγος θα γίνει υπό την επίβλεψη του Αρχηγείου Στόλου πλους ελέγχου ασφαλείας συστημάτων. Οι τορπίλες που φορτώθηκαν στο τύπου «214» υποβρύχιο «Παπανικολής» είναι οι SUT και SST 4, με τις οποίες εξοπλίζονται και τα παλαιότερα υποβρύχια τύπου «209». Το νέο υποβρύχιο έχει δυνατότητες για χρήση και πιο σύγχρονων τορπιλών, η αγορά των οποίων αναμένεται να περιληφθεί στο υπό κατάρτιση νέο εξοπλιστικό πρόγραμμα.
Το «Παπανικολής» είναι το πρώτο σκάφος της σειράς «214» της γερµανικής εταιρείας HDW _ ο πιο σύγχρονος τύπος µετά τα πυρηνοκίνητα υποβρύχια. Το µεγαλύτερο ατού του είναι, κατά τους ειδικούς, το σύστηµα αναερόβιας πρόωσης, µια µορφή παραγωγής ενέργειας με κυψέλες καυσίμων που του επιτρέπει να µείνει κάτω από την επιφάνεια πάνω από 15 ηµέρες χωρίς αναπνευστήρα. Επιπλέον, το υποβρύχιο χαρακτηρίζεται από σημαντικά μειωμένα ακουστικά, θερμικά και μαγνητικά ίχνη, χάρη στα οποία είναι εξαιρετικά δύσκολο να ανιχνευτεί, ενώ έχει αυξηθεί και το βάθος κατάδυσης αυτού του τύπου. Το νέο υποβρύχιο έχει εκτόπισμα 1.700 τόνων και μήκος 65 μέτρα.
Η Ελλάδα το 2000 παρήγγειλε τρία και αργότερα άλλο ένα, µε πρόβλεψη το πρώτο να γίνει στο Κίελο και τα άλλα 3 στον Σκαραµαγκά, όπου και ήδη κατασκευάζονται. Πρόσφατα παραγγέλθηκαν άλλα δύο σε αντικατάσταση προγράμματος εκσυγχρονισμού δύο παλαιών. Κατά τις πρώτες δοκιµές από το 2004 µέχρι το 2006 διαπιστώθηκαν προβλήµατα, το µεγαλύτερο των οποίων ήταν η εµφάνιση κλίσης κατά την ανάδυση σε θάλασσα µε µεγάλο κυµατισµό. Τα προβλήματα αντιμετωπίστηκαν και το σκάφος, όπως ανακοινώθηκε, έχει πιστοποίηση.
Το ελληνικό Πολεμικό Ναυτικό ήταν το πρώτο ξένο Ναυτικό που παρήγγειλε υποβρύχιο με σύστημα αναερόβιας πρόωσης με κυψέλες καυσίμων. Σύμφωνα με τα Ναυπηγεία Σκαραμαγκά, σήμερα το «Παπανικολής» είναι το 11ο υποβρύχιο με κυψέλες καυσίμων που βρίσκεται στην υπηρεσία των γερμανικών, ελληνικών, ιταλικών, κορεατικών και πορτογαλικών ναυτικών δυνάμεων.