Ο δρόμος για την αξιοποίηση του Γυάρου, συμπεριλαμβανομένης και της αξιοποίησης και ανάδειξης των διατηρητέων φυλακών και των γειτονικών κτιρίων που βρίσκονται στις περιοχές των πέντε όρμων της, άνοιξε μετά την ομόφωνη απόφαση του Κεντρικού Συμβουλίου Νεώτερων Μνημείων για αναοριοθέτηση του ιστορικού τόπου του νησιού. Η Γυάρος χρησιμοποιήθηκε ως τόπος εξορίας από το 1947 μέχρι το 1952 και από το 1956 μέχρι το 1974 για πολιτικούς εξόριστους. Συνολικά, 22.000 Έλληνες πέρασαν και μαρτύρησαν, παραμένοντας εκεί για μήνες ή και για χρόνια. Στην αρχή, η διαμονή γινόταν κυρίως σε σκηνές, στα πέντε στρατόπεδα που είχαν φτιαχτεί σε κάθε όρμο. Από τα χέρια των εξόριστων έγιναν εκβραχισμοί και διαμορφώσεις του εδάφους, διάνοιξη δρόμων και οικοδομικές εργασίες, για να χτιστούν τελικά φυλάκια, πυροβολεία αλλά και οι κεντρικές φυλακές. Αυτές είναι ένα οικοδόμημα επίμηκες, ορθογώνιο και διαμορφώνεται σε τέσσερα επίπεδα. Είναι μάλιστα τόσο επιβλητικό που είναι αδύνατο να μην το προσέξεις περνώντας από τη Σύρο ή την Τήνο.
Το Σεπτέμβρη του 2001, απόφαση του τότε υπουργού Αιγαίου, Νίκου Σηφουνάκη, προέβλεπε ότι «το κτίριο των φυλακών, καθώς και όλα τα κτίρια, εγκαταστάσεις και κατασκευές που βρίσκονται στις περιοχές των 5 όρμων της νήσου Γυάρου, χαρακτηρίζονται διατηρητέα». Τρεις μήνες αργότερα, με απόφαση του τότε υπουργού Πολιτισμού, Ευάγγελου Βενιζέλου, η Γυάρος χαρακτηρίστηκε ιστορικός τόπος και τα κτίριά της διατηρητέα. Χαρακτήριζε ως ιστορικό τόπο που χρειάζεται ειδική κρατική προστασία τη νήσο Γυάρο ή Γιούρα, που βρίσκεται στο νησιωτικό σύμπλεγμα των Κυκλάδων και διοικητικά υπάγεται στο Δήμο Σύρου, διότι αποτελεί σημαντικό χώρο ιστορικής μνήμης που έχει αναπόσπαστα συνδεθεί με την ιστορία της νεώτερης Ελλάδας. Επίσης, χαρακτήριζε ως ιστορικά διατηρητέα μνημεία το κτίριο των φυλακών, καθώς και όλα τα κτίρια, εγκαταστάσεις και κατασκευές που βρίσκονται στις περιοχές των 5 όρμων στη νήσο Γυάρο.
Ύστερα από πρόταση της Εφορείας Νεωτέρων Μνημείων και έρευνα των υπηρεσιών του υπουργείου Πολιτισμού, με στόχο την ακριβή οριοθέτηση του ιστορικού τόπου της Γυάρου και για την καλύτερη προστασία του μνημείου, κατέληξαν ότι ιστορικού ενδιαφέροντος είναι οι 5 όρμοι, που ο καθένας ήταν ένα στρατόπεδο και βρίσκονται ΝΑ της νήσου. Συγκεκριμένα, ο πρώτος όρμος που είναι και ο μεγαλύτερος και ονομάζεται Όρμος πρωτεύουσας και εκεί βρισκόταν το σπίτι του διευθυντή, ο δεύτερος, ο Όρμος των "ζωηρών" και αργότερα των γερόντων και των αρρώστων, ο τρίτος, ο Όρμος των διανοουμένων και των στελεχών που βρίσκονταν σε απομόνωση, ο τέταρτος, όπου ήταν το αναρρωτήριο, οι αποθήκες τροφίμων, το ηλεκτρικό εργοστάσιο και μικρά κτίρια των χωροφυλάκων και αργότερα των εθνικοφρόνων και ανανηψάντων, ο πέμπτος, ο Όρμος της βαριάς απομόνωσης και ο Όρμος «0» που επρόκειτο να αποτελέσει τον Όρμο των πειθαρχείων αλλά δεν χρησιμοποιήθηκε ποτέ.
Παράλληλα, από το 2005 εκδηλώθηκε ενδιαφέρον για επιχειρηματική δραστηριότητα στο νησί, στον τομέα της ενέργειας, λόγω του ισχυρού αιολικού δυναμικού του και κατατέθηκαν συγκεκριμένες προτάσεις. Σύμφωνα με μελέτη του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου (ΕΜΠ), το αιολικό πάρκο της Γυάρου θα έχει εγκατεστημένη ισχύ 300 MW και θα παράγει ηλεκτρική ενέργεια 1 εκατομμυρίου MWh τον χρόνο. Το συγκεκριμένο αιολικό πάρκο, δεδομένου ότι θα είναι από τα μεγαλύτερα της Ευρώπης, αναμένεται να συγκεντρώνει κάθε χρόνο χιλιάδες επισκέπτες (ανάμεσά τους μαθητές, σπουδαστές και φοιτητές) από την Ελλάδα και το εξωτερικό, οι οποίοι ταυτοχρόνως θα γνωρίζουν από κοντά και τη νεώτερη ελληνική ιστορία.
Σε ψήφισμά του ο Δήμος Σύρου, στον οποίο ανήκει διοικητικά η Γυάρος, ενέκρινε κατά πλειοψηφία τον αποχαρακτηρισμό και την αναοριοθέτηση του ιστορικού τόπου στη νήσο Γυάρο υπογραμμίζοντας ότι κάτι τέτοιο θα ήταν ιδιαίτερα σημαντικό τόσο για τη χώρα όσο και για την καλύτερη προστασία των μνημείων της Γύαρου.
Αντίθεση στη νέα οριοθέτηση του ιστορικού τόπου εξέφρασε ο Σύνδεσμος Φυλακισθέντων και Εξορισθέντων Αντιστασιακών 1967-1974 και αυτό γιατί ενέχει τον κίνδυνο της εκμετάλλευσης και εμπορευματοποίησης του ιστορικού τόπου και ζήτησε να μην υπάρξει στο νησί οποιαδήποτε επιχειρηματική-οικονομική δραστηριότητα που θα αλλοιώσει το διαχρονικό ιστορικό χαρακτήρα του νησιού.
Το Σεπτέμβρη του 2001, απόφαση του τότε υπουργού Αιγαίου, Νίκου Σηφουνάκη, προέβλεπε ότι «το κτίριο των φυλακών, καθώς και όλα τα κτίρια, εγκαταστάσεις και κατασκευές που βρίσκονται στις περιοχές των 5 όρμων της νήσου Γυάρου, χαρακτηρίζονται διατηρητέα». Τρεις μήνες αργότερα, με απόφαση του τότε υπουργού Πολιτισμού, Ευάγγελου Βενιζέλου, η Γυάρος χαρακτηρίστηκε ιστορικός τόπος και τα κτίριά της διατηρητέα. Χαρακτήριζε ως ιστορικό τόπο που χρειάζεται ειδική κρατική προστασία τη νήσο Γυάρο ή Γιούρα, που βρίσκεται στο νησιωτικό σύμπλεγμα των Κυκλάδων και διοικητικά υπάγεται στο Δήμο Σύρου, διότι αποτελεί σημαντικό χώρο ιστορικής μνήμης που έχει αναπόσπαστα συνδεθεί με την ιστορία της νεώτερης Ελλάδας. Επίσης, χαρακτήριζε ως ιστορικά διατηρητέα μνημεία το κτίριο των φυλακών, καθώς και όλα τα κτίρια, εγκαταστάσεις και κατασκευές που βρίσκονται στις περιοχές των 5 όρμων στη νήσο Γυάρο.
Ύστερα από πρόταση της Εφορείας Νεωτέρων Μνημείων και έρευνα των υπηρεσιών του υπουργείου Πολιτισμού, με στόχο την ακριβή οριοθέτηση του ιστορικού τόπου της Γυάρου και για την καλύτερη προστασία του μνημείου, κατέληξαν ότι ιστορικού ενδιαφέροντος είναι οι 5 όρμοι, που ο καθένας ήταν ένα στρατόπεδο και βρίσκονται ΝΑ της νήσου. Συγκεκριμένα, ο πρώτος όρμος που είναι και ο μεγαλύτερος και ονομάζεται Όρμος πρωτεύουσας και εκεί βρισκόταν το σπίτι του διευθυντή, ο δεύτερος, ο Όρμος των "ζωηρών" και αργότερα των γερόντων και των αρρώστων, ο τρίτος, ο Όρμος των διανοουμένων και των στελεχών που βρίσκονταν σε απομόνωση, ο τέταρτος, όπου ήταν το αναρρωτήριο, οι αποθήκες τροφίμων, το ηλεκτρικό εργοστάσιο και μικρά κτίρια των χωροφυλάκων και αργότερα των εθνικοφρόνων και ανανηψάντων, ο πέμπτος, ο Όρμος της βαριάς απομόνωσης και ο Όρμος «0» που επρόκειτο να αποτελέσει τον Όρμο των πειθαρχείων αλλά δεν χρησιμοποιήθηκε ποτέ.
Παράλληλα, από το 2005 εκδηλώθηκε ενδιαφέρον για επιχειρηματική δραστηριότητα στο νησί, στον τομέα της ενέργειας, λόγω του ισχυρού αιολικού δυναμικού του και κατατέθηκαν συγκεκριμένες προτάσεις. Σύμφωνα με μελέτη του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου (ΕΜΠ), το αιολικό πάρκο της Γυάρου θα έχει εγκατεστημένη ισχύ 300 MW και θα παράγει ηλεκτρική ενέργεια 1 εκατομμυρίου MWh τον χρόνο. Το συγκεκριμένο αιολικό πάρκο, δεδομένου ότι θα είναι από τα μεγαλύτερα της Ευρώπης, αναμένεται να συγκεντρώνει κάθε χρόνο χιλιάδες επισκέπτες (ανάμεσά τους μαθητές, σπουδαστές και φοιτητές) από την Ελλάδα και το εξωτερικό, οι οποίοι ταυτοχρόνως θα γνωρίζουν από κοντά και τη νεώτερη ελληνική ιστορία.
Σε ψήφισμά του ο Δήμος Σύρου, στον οποίο ανήκει διοικητικά η Γυάρος, ενέκρινε κατά πλειοψηφία τον αποχαρακτηρισμό και την αναοριοθέτηση του ιστορικού τόπου στη νήσο Γυάρο υπογραμμίζοντας ότι κάτι τέτοιο θα ήταν ιδιαίτερα σημαντικό τόσο για τη χώρα όσο και για την καλύτερη προστασία των μνημείων της Γύαρου.
Αντίθεση στη νέα οριοθέτηση του ιστορικού τόπου εξέφρασε ο Σύνδεσμος Φυλακισθέντων και Εξορισθέντων Αντιστασιακών 1967-1974 και αυτό γιατί ενέχει τον κίνδυνο της εκμετάλλευσης και εμπορευματοποίησης του ιστορικού τόπου και ζήτησε να μην υπάρξει στο νησί οποιαδήποτε επιχειρηματική-οικονομική δραστηριότητα που θα αλλοιώσει το διαχρονικό ιστορικό χαρακτήρα του νησιού.