Επιτηδευμένο σχεδιασμό και εκτέλεση των εγκλημάτων καταλογίζουν στον ηγούμενο της Μονής Βατοπεδίου οι Εφέτες που τον έκριναν προφυλακιστέο, χαρακτηρίζοντάς τον ως άτομο με ροπή στην εγκληματική δράση.
Στο σκεπτικό του βουλεύματος (αριθμ. 3682/2011), όπου γίνεται αποδεκτή η θέση της ανακρίτριας της υπόθεσης για προσωρινή κράτηση, αναφέρεται πως ο ηγούμενος Εφραίμ «είναι άτομο με ροπή στην εγκληματική δράση, ως στοιχείο της προσωπικότητας του, ενεργώντας επιτήδεια και μεθοδευμένα».
Οι Εφέτες θεωρούν επίσης πως ο κίνδυνος τέλεσης νέων αδικημάτων είναι υπαρκτός: «...ενόψει του ότι ο κατηγορούμενος, που ήταν ο ιθύνων νους και εμπνευστής των ως άνω πράξεων, εξακολουθεί να διατηρεί την ιδιότητα του καθηγούμενου της Ιεράς Μονής Βατοπεδίου, υπάρχει κίνδυνος να εκμεταλλευθεί πάλι την ιδιότητά του αυτή για την διάπραξη και άλλων πράξεων συναφών με αυτές, που με το κατηγορητήριο του αποδίδονται ότι έχει διαπράξει». [Γιαυτό πρέπει η ΙΜ Βατοπαιδίου να μείνει ακέφαλη, για να είναι πιο εύκολο το πλιάτσικο... Αφού όλα έχουν πάρει το δρόμο της Δικαιοσύνης, τι φοβούνται οι δικαστές; Ότι ο Εφραίμ θα επηρεάσει συναδέλφους τους; Αναγνωρίζουν δηλ. ότι υπάρχουν λαμόγια δικαστές ή ηλίθιοι που επηρεάζονται από τον καθένα;]
Επισημαίνουν ακόμη ότι είναι σε εκκρεμότητα η υπόθεση των ιδιοκτησιακού καθεστώτος των παραλιμνίων εκτάσεων και ότι εκκρεμούν επίσης οι αγωγές του ελληνικού Δημοσίου για την ανάκτηση της κυριότητας του επί ακινήτων που ανταλλάχθηκαν με την Λίμνη Βιστωνίδα.
Όπως αναφέρεται στο βούλευμα «...αν αφεθεί ελεύθερος ο κατηγορούμενος είναι πολύ πιθανό να διαπράξει και άλλα εγκλήματα, εφόσον συνεχίζεται η αντιδικία με το Δημόσιο για τις αμφισβητούμενες εκτάσεις, λαμβανομένης υπόψη και της εξαιρετικής δεινότητας που επέδειξε στην μεθόδευση των επίδικων εγκλημάτων και της ικανότητας επιτηδευμένης πειθούς σε πλήθος ετερόκλητων προσώπων διαφορετικών αρμοδιοτήτων».
Οι Εφέτες τονίζουν ότι ο Εφραίμ τέλεσε τις πράξεις του εξακολουθητικώς, από το τέλος Δεκεμβρίου 2001 έως το 2008 και ότι κατόρθωσε να πείσει νομικούς συμβούλους και παρέδρους του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους να εκδώσουν ευνοϊκές αποφάσεις για την κυριότητα της Μονής επί της λίμνης και των παραλιμνίων εκτάσεων [Πρωτοφανές! Δικαστές αποκαλούν ουσιαστικά ηλίθιους τους συναδέλφους τους του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους για τους οποίους λένε ότι πείστηκαν από τα ψέμματα Εφραίμ... εκτός αυτού σπεύδουν να βγάλουν απόφαση για την επικείμενη δίκη και δίνουν γραμμή στους δικαστές που θα εκδικάσουν την υπόθεση: Η λίμνη ανήκει στο Κράτος], υφυπουργούς να εκδώσουν υπουργικές αποφάσεις έγκρισης των γνωμοδοτήσεων και να μην προβάλουν δικαιώματα κυριότητας του Δημοσίου επί των εκτάσεων αυτών, υπουργούς να εκδώσουν αποφάσεις περί ανταλλαγής της λίμνης και των γύρω ακινήτων και να αναθέσουν την διαδικασία αυτή στην ΚΕΔ με κοινόχρηστα ακίνητα προσφερόμενα για οικοδομική ή τουριστική εκμετάλλευση.
Ο ισχυρισμός που προέβαλε ο Εφραίμ ενώπιον του Συμβουλίου Εφετών πως δεν μπορεί να προφυλακιστεί αφού δεν παραπέμπονται υπουργοί ως συμμέτοχοι ή αυτουργοί, δεν έγινε δεκτός από τους εφέτες οι οποίοι υιοθέτησαν την κοινή πεποίθηση της ανακρίτριας αλλά και του Εισαγγελέα πως σε βάρος του προκύπτουν σοβαρές ενδείξεις ενοχής. Ως προς αυτό, σημειώνεται στο βούλευμα, δεν υπήρξε διαφωνία ανάμεσα στην κ. Καλού και τον εισαγγελέα Παναγιώτη Ματζούνη [Προσέξτε πως προβάλλουν απεγνωσμένα το μόνο σημείο όπου συμφωνούν με τον εισαγγελέα... γιατί στα υπόλοιπα ο εισαγγελέας τους κάνει ρόμπες].
Ο Εισαγγελικός λειτουργός ωστόσο, που ζήτησε την επιβολή περιοριστικών όρων στον ηγούμενο, δεν διαπίστωσε «ίδιον προσωπικόν συμφέρον» του κατηγορούμενου αλλά ούτε και «εγκληματική ροπή» καθώς όπως τονίζει «έχουν παρέλθει περί τα τριάμισι έτη αφότου φέρεται να ολοκλήρωσε τις πράξεις του χωρίς να προκύπτει περεταίρω εγκληματική δραστηριότητα». Θεώρησε επίσης ότι στόχος του Εφραίμ ήταν η ανόρθωση και ακτινοβολία της Μονής.
Όπως μεταδίδει το ΑΠΕ-ΜΠΕ, ενώπιον της ανακρίτριας ο Εφραίμ προσπαθώντας ν' αντικρούσει τις βαριές κατηγορίες που αντιμετωπίζει, υποστήριξε ότι οι ανταλλαγές επιβλήθηκαν από την τότε κυβέρνηση της ΝΔ και αποτελούσαν, ούτε λίγο ούτε πολύ, μονόδρομο. Όπως είπε:
«Δεν θέλαμε τις ανταλλαγές, αλλά μας επιβλήθηκαν από την τότε κυβέρνηση για να ικανοποιηθούν οι τοπικοί φορείς που δεν μας ήθελαν εκεί...» Στην ερώτηση της ανακρίτριας αφού δεν ήθελαν τις ανταλλαγές γιατί δεν αρνήθηκαν, ο κατηγορούμενος απάντησε: «Μας έπεισαν οι νομικοί μας σύμβουλοι ότι δεν είχαμε άλλη διέξοδο γιατί διαφορετικά θα είχαμε μακροχρόνιες διενέξεις πράγμα το οποίο δεν επιθυμούσαμε».
Είπε επίσης ότι τα κίνητρά του ήταν πάντοτε «ευγενή» χωρίς σκοπό εξαπάτησης του Δημοσίου: «Εμείς πάντοτε είχαμε ευγενή κίνητρα. Θέλουμε με εμπειρικό τρόπο να μαρτυρήσουμε την αλήθεια της Ορθοδοξίας σε όλη την Οικουμένη και νυχθημερόν όλοι οι πατέρες και εγώ ταπεινά θυσιαζόμαστε για το λαό του Θεού. Δεν έχουμε ιδιοτελή ελατήρια για καμία κίνησή μας και προσπαθούμε με τις ταπεινές δυνάμεις μας να παρηγορούμε τους ανθρώπους που μας πλησιάζουν».
Για τις επισκέψεις του στο Μέγαρο Μαξίμου, ο Εφραίμ υποστήριξε πως είχαν σκοπό την επίδοση προσκλήσεων και ότι με τον διευθυντή του τότε πρωθυπουργού, Ιωάννη Αγγέλου, κατηγορούμενο στην υπόθεση, οι συζητήσεις τους αφορούσαν θέματα που σχετίζονταν με την Αγιορείτικη παράδοση και όχι με τη Μονή, εκτός από μία μόνο φορά, που του εξέφρασε παράπονα για την κυβέρνηση και την άρνηση της να τους δώσει την διαχείριση της λίμνης χωρίς ωστόσο εκείνος να δείξει κανένα ενδιαφέρον.
Ο Εφραίμ που το πρωί μεταφέρθηκε στις φυλακές Κορυδαλλού θα παραμείνει στο κελί 2 της έκτης πτέρυγας του σωφρονιστικού καταστήματος. Ο μοναχός ζήτησε να είναι μόνος του στο κελί προκειμένου να μπορεί να ασκεί τα θρησκευτικά του καθήκοντα και να προσεύχεται, αίτημα που έγινε δεκτό από την διεύθυνση των φυλακών.