Το πρωί της Τετάρτης, ο ηγούμενος μεταφέρθηκε στις φυλακές, όπου θα βρίσκεται προσωρινά κρατούμενος για την υπόθεση των ανταλλαγών της μονής Βατοπαιδίου, ενώ εκτιμάται ότι θα κρατηθεί στην πτέρυγα -Ε-, στην οποία είναι κρατούμενοι κυρίως για οικονομικά εγκλήματα και όχι για σοβαρές πράξεις βίας.
Υποστηρικτές του ηγούμενου Εφραίμ βρισκόταν για ακόμη μια ημέρα στο πλευρό του, καθώς πραγματοποίησαν νέα συγκέντρωση έξω από την κεντρική πύλη των φυλακών Κορυδαλλού.
Οι συνήγοροι του, αφού ενημερωθούν για το σκεπτικό του βουλεύματος, αναμένεται να αιτηθούν την αντικατάσταση της κράτησης του Εφραίμ επικαλούμενοι τα προβλήματα υγείας του εντολέα τους.
Το μεσημέρι της Τρίτης, ο ηγούμενος έφτασε με ταχύπλοο στο λιμανάκι των Νέων Ρόδων και από εκεί επιβιβάστηκε σε αυτοκίνητο της αστυνομίας. Εν συνεχεία αναχώρησε για Αθήνα, με τη συνοδεία δύο περιπολικών.
Στο πλευρό του στάθηκαν περισσότεροι από 200 μοναχοί του Αγίου Όρους, ενώ έψαλλαν το Άξιον Εστί. Οι καμπάνες χτυπούσαν αναστάσιμα.