Ο Θωμάς Σερίφης υποστηρίζει ότι η υπαγωγή του στη λίστα είναι αντίθετη στο Σύνταγμα και την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ). Παράλληλα, υπογραμμίζει ότι η υπαγωγή του στη λίστα είναι αναιτιολόγητη, αφού έχει εκτίσει την ποινή των 8 ετών που του έχει επιβληθεί για συμμετοχή του σε ενέργειες της τρομοκρατικής οργάνωσης 17Ν και έχει αποφυλακιστεί από το 2007 με βούλευμα, έχοντας ολοκληρώσει και το στάδιο αναστολής, ενώ έχουν παρέλθει 20 χρόνια από την επίμαχη περίοδο των πράξεων που του καταλογίστηκαν. Επίσης, επισημαίνει ότι δεσμεύθηκε ακόμα και το επίδομα ανεργίας του ΟΑΕΔ, ύψους 200 ευρώ, που λαμβάνει.
Οι αρεοπαγίτες με το υπ’ αριθμ. 406/2012 βούλευμά τους έκριναν ότι η καταχώριση του ονόματος του Θωμά Σερίφη στη λίστα είναι δικαιολογημένη και σύμφωνη με τις επιταγές του Συντάγματος και της ΕΣΔΑ. Μάλιστα, επισημαίνουν ότι η ένταξή του στη λίστα έχει πλήρη, ειδική και εμπεριστατωμένη αιτιολογία, καθώς αναφέρεται στην καταδίκη του, στην ένταξη και την παραμονή του στη 17Ν (1989-1994), ενώ δέχεται ότι για τον προσδιορισμό ενός προσώπου ως σχετιζόμενου με την τρομοκρατία αρκεί η ύπαρξη έλλογων υπονοιών, ενδείξεων ή πιθανολόγησης που στηρίζεται σε πληροφορίες της Αρχής, τις οποίες θεωρεί ακριβείς.