Οι υπόλοιποι 15 αγώνες μοιράζονται στην ημιτελική και την προημιτελική φάση με εξαίρεση τη διπλή αναμέτρηση του 1993, όταν ο ΠΑΟΚ και Παναθηναϊκός συναντήθηκαν μόλις στην πρώτη φάση του θεσμού.
Ο ΠΑΟΚ πήρε την πρόκριση στις τέσσερις περιπτώσεις και ο Παναθηναϊκός στις έξι, αλλά στον συνολικό απολογισμό οι δύο ομάδες έχουν από οκτώ νίκες με μόλις δύο παιχνίδια να λήγουν δίχως νικητή.
Αναλυτικά οι αγώνες του ΠΑΟΚ με τον Παναθηναϊκό στο Κύπελλο
10/04/1949 (Ημιτελικός) ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 0-1
28/05/1951 (Ημιτελικός) ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 1-0
12/06/1955 (Τελικός) Παναθηναϊκός - ΠΑΟΚ 2-0
07/07/1968 (Προημιτελικός) ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 1-2
05/05/1971 (Προημιτελικός) ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 3-2
05/07/1972 (Τελικός) ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 2-1
18/04/1973 (Προημιτελικός) ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 2-0
22/06/1977 (Τελικός) Παναθηναϊκός – ΠΑΟΚ 2-1
19/05/1982 (Ημιτελικός) ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 1-0
02/06/1982 Παναθηναϊκός -ΠΑΟΚ 2-0
22/05/1985 (Ημιτελικός) Παναθηναϊκός -ΠΑΟΚ 2-0
05/06/1985 ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 4-0
03/04/1991 (Ημιτελικός) Παναθηναϊκός -ΠΑΟΚ 2-0
02/04/1991 ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 1-0
15/12/1993 (1η φάση) Παναθηναϊκός -ΠΑΟΚ 0-0
29/12/1993 ΠΑΟΚ- Παναθηναϊκός 0-0 (4-5 πέναλτι)
17/01/2007 (Προημιτελικός) ΠΑΟΚ – Παναθηναϊκός 2-1
31/01/2007 Παναθηναϊκός -ΠΑΟΚ 3-1
Δείτε μερικές από τις αναμετρήσεις των δύο ομάδων στο Κύπελλο
Τελικός 1972
Τελικός 77
Ημιτελικός 1982
Ημιτελικός 1985
Προημιτελικοί 2007
gazzetta.gr