Η Ολομέλεια έκρινε πως η παρακράτηση που τους γίνεται είναι συνταγματική, νόμιμη και σύμφωνη με την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου. Για το θέμα αυτό είχαν κάνει προσφυγή 75 καθηγητές ΑΕΙ και ΤΕΙ, που ζητούσαν να ακυρωθούν υπουργικές αποφάσεις του Ιανουαρίου και του Φεβρουαρίου του 2002. Αυτές προβλέπουν ότι επί των ακαθάριστων αμοιβών των μελών (διδακτικού και ερευνητικού προσωπικού με πλήρη απασχόληση) των ΑΕΙ από την άσκηση ελευθέριου επαγγέλματος ή από ερευνητικά προγράμματα ή ερευνητικά ινστιτούτα θα υπάρχει παρακράτηση από 10% έως 15% υπέρ ειδικού λογαριασμού των ΑΕΙ και ΤΕΙ (Ειδικός Λογαριασμός για την Αξιοποίηση Κονδυλίων του Ιδρύματος).
Το Συμβούλιο της Επικρατείας έκρινε ότι η συγκεκριμένη παρακράτηση δεν έχει φορολογικό χαρακτήρα, καθώς τα ποσά διατίθενται υπέρ των Ιδρυμάτων για την κάλυψη δαπανών απαραίτητων για τις ανάγκες έργων και την παροχή υπηρεσιών. Επιπλέον, έκρινε ότι η επίμαχη παρακράτηση δεν είναι αντίθετη σε καμία συνταγματική διάταξη και απέρριψε ως αβάσιμους όλους περί του αντιθέτου ισχυρισμούς των καθηγητών.
Εξάλλου, κρίθηκε ότι η εν λόγω παρακράτηση δεν προσκρούει στις διατάξεις της Ε.Σ.Δ.Α. που αφορά το φόρο προστιθέμενης αξίας, κ.λπ. και απέρριψαν ως απαράδεκτο τον ισχυρισμό των καθηγητών.