Απερρίφθησαν από την Ολομέλεια του ΣτΕ οι προσφυγές των πανμακεδονικών ενώσεων που είχαν στραφεί σε βάρος της συμφωνίας των Πρεσπών.Όπως έχει κρίνει και στο παρελθόν το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο, τέτοιου είδους πράξεις, δεν υπόκεινται στον έλεγχο του ΣτΕ, καθώς άπτονται της εξωτερικής πολιτικής της χώρας.
«Συνιστούν καθ’ αυτές πράξεις διαχειρίσεως της πολιτικής εξουσίας στον τομέα της εξωτερικής πολιτικής και συνδέονται ευθέως με τη διαχείριση των διεθνών σχέσεων της χώρας». Ως εκ τούτου, «έχουν κυβερνητικό χαρακτήρα, μη υποκείμενες στον ακυρωτικό έλεγχο του ΣτΕ», είπαν οι δικαστές.
Σύμφωνα με τις αποφάσεις που εξέδωσε το ανώτατο ακυρωτικό δικαστήριο, ούτε η συμφωνία ούτε όμως και οι επιστολές με τις οποίες ο Νίκος Κοτζιάς συναίνεσε στην έναρξη της διαδικασίας των διαπραγματεύσεων για την ένταξη της πΓΔΜ στην Ευρωπαϊκή Ένωση και στο ΝΑΤΟ, μπορούν να ελεγχθούν από το ΣτΕ.
Ένα μέλος της Ολομέλειας, ο σύμβουλος Επικρατείας Γεώργιος Ποταμιάς είχε αντίθετη άποψη, υποστηρίζοντας ότι οι προσβαλλόμενες πράξεις υπόκειται στον έλεγχο του ΣτΕ.