Σύμφωνα με τα στοιχεία του history.com, ο Γκεβάρα μισούσε τους ομοφυλόφιλους και ήταν διαβόητος ομοφοβικός. Εξάλλου είναι γνωστά τα στρατόπεδα συγκέντρωσης για τους γκει που είχαν στήσει μαζί με τον Κάστρο στην Κούβα. Έλεγε ότι οι γκέι έπρεπε να μπουν φυλακή και όταν εκείνη φυλακίζονταν, τους φέρονταν χειρότερα από τους άλλους κρατουμένους. Σύμφωνα με έναν φυλακισμένο, οι ομοφυλόφιλοι δέχονταν μεταχείριση λες και ήταν κτήνη ενώ ήταν οι τελευταίοι που έβγαιναν από το κελί τους για να φάνε. Αν ένας ομοφυλόφιλος κρατούμενος προέβαινε σε ένα μικρό ατόπημα, τον χτυπούσαν ανελέητα.
Επίσης, ο Τσε ήταν ασυγκράτητος γυναικάς... με τις εξαρτημενες από αυτόν υπηρέτριες. Λέγεται ότι είχε επιτυχίες στις γυναίκες από πολύ νεαρή ηλικία. Μεγάλωσε σε πλούσια οικογένεια της Αργεντινής και ήταν φυσικό για εκείνον να συνάπτει σεξουαλικές σχέσεις με τις υπηρέτριες στο σπίτι του ή τα σπίτια των φίλων του. Ένας παιδικός του φίλος του έδωσε το παρατσούκλι "γρήγορος κόκορας" επειδή όποτε έμπαινε υπηρέτρια στην τραπεζαρία όπου δειπνούσε την έριχνε στο τραπέζι για σ@ξ. Μία φορά λέγεται πως έκανε σ@ξ με μια οικιακή βοηθό στο σπίτι της θείας του ενώ εκείνη ήταν στο δωμάτιο με γυρισμένη την πλάτη. Ο Γκεβάρα παντρεύτηκε την Ίλδα Γκαντέα το 1955 αλλά την εγκατέλειψε και παντρεύτηκε την Αλέιδα Μαρτς το 1959. Η Μαρτς έγραψε για τις απιστίες του συζύγου της ότι ήταν δύσκολη η ζωή για εκείνη και τα παιδιά: "Ο Ερνέστο βγαίνει κάθε βράδυ, πίνει και ρίχνει και μία γυναίκα". Ο Τσε απέκτησε πέντε παιδιά επισήμως, τέσσερα με τη Ματς, αλλά εικάζεται ότι απέκτησε και πολλά εξώγαμα στην Κούβα.
Τέλος ο Τσε δεν είχε καλή σχέση με το νερό. Οι συμμαθητές του τον αποκαλούσαν "γουρούνι" επειδή αρνιόταν να κάνει μπάνιο, ενώ όταν ήταν στη Βολιβία ο ίδιος έγραψε ότι δεν είχε κάνει μπάνιο για έξι μήνες.
Hasta la victoria siempre ΓΙΔΙΑ...