Στην πρώτη του αντίδραση μετά την άσκηση ποινικής δίωξης για απιστία, υπεξαίρεση και ξέπλυμα μαύρου χρήματος εναντίον του, για τα οικονομικά της Κιβωτού του Κόσμου, ο πάτερ Αντώνιος ξεσπά, κάνοντας λόγο για «άδικη κι αβάσιμη» δίωξη.
Ο ιερέας, που κατηγορείται μαζί με την πρεσβυτέρα, Σταματία Γεωργαντή, σχολίασε στο Mega ότι, «η ποινική δίωξη που μας ασκήθηκε είναι άδικη κι αβάσιμη. Μαζί με εμένα κατηγορούνται ακόμη η πρεσβυτέρα και ένα μέλος της οικογένειάς μου, επειδή ήταν μέλη του διοικητικού συμβουλίου της “Κιβωτού του κόσμου”».
Ο Αντώνιος Παπανικολάου ισχυρίστηκε ότι, «συνεχίζονται οι διώξεις για κατηγορίες που δε στοιχειοθετούνται. Βγαίνουν νέα αδικήματα από το πουθενά. Κατηγορούμαστε για υπεξαίρεση, ενώ η ίδια η πρεσβυτέρα παρέδωσε τα χρήματα που βρίσκονταν στην “Κιβωτό” όταν της ζητήθηκε και εξήγησε πώς δεν είναι δικά μας. Αυτό αναφέρεται και στην έκθεση κατασχέσεων».
Όπως είπε, η Σταματία Γεωργαντή, «Παρέδωσε πάνω από 450 χιλιάδες ευρώ, τα οποία προέρχονται από δωρεές και χορηγίες. Η “Κιβωτός” δεν είχε άλλη πηγή εισοδήματος. Για κάποιο λόγο είμαι ο εχθρός του ελληνικού κράτους και όχι μόνο».