Προκαταρκτική έρευνα σε βάρος των αξιωματικών της ΕΛ.ΑΣ. που είχαν την ευθύνη για την εκτέλεση της απόφασης, περί προσωρινής κράτησης του ηγούμενου της Ιεράς Μονής Βατοπεδίου, Εφραίμ, διέταξε η Εισαγγελία Πρωτοδικών Θεσσαλονίκης.
Πιο ειδικά, ο προϊστάμενος της Εισαγγελίας, Ευάγγελος Μπακέλος, παρήγγειλε στον εισαγγελέα Πλημμελειοδικών Λάμπρο Τσόγκα τη διενέργεια έρευνας για να διαπιστωθεί εάν τελέστηκε το αδίκημα της παράβασης καθήκοντος.
Στην παραγγελία του αναφέρει ότι οι αστυνομικοί που μετέβησαν στο Άγιον Όρος, όφειλαν να εκτελέσουν το ένταλμα προσωρινής κράτησης που εξέδωσε η Εισαγγελία Εφετών Αθηνών σε βάρος του ηγούμενου Εφραίμ για την υπόθεση των ανταλλαγών της αγιορείτικης Μονής με το δημόσιο και να τον οδηγήσουν φρουρούμενο στο Κέντρο Υγείας των Καρυών προκειμένου να ξεπεράσει εκεί το πρόβλημα υγείας που αντιμετώπιζε.
Ως γνωστών, ο ηγούμενος Εφραίμ παρέμεινε φρουρούμενος στο κελί του στη Μονή Βατοπεδίου, μετά το πρόβλημα υγείας που παρουσίασε παραμονή των Χριστουγέννων, κι έμεινε εκεί, μέχρι την ανάρρωσή του, τρεις μέρες αργότερα, οπότε οδηγήθηκε στην Εισαγγελία Εφετών Αθηνών και μετέπειτα στις δικαστικές φυλακές Κορυδαλλού, όπου κρατείται έκτοτε.
Η εισαγγελική έρευνα, που βάζει στο στόχαστρό της ανώτερους αξιωματικούς που είχαν την ευθύνης της επιχείρησης, ανατέθηκε στην Υποδιεύθυνση Εσωτερικών Υποθέσεων Βορείου Ελλάδος της ΕΛ.ΑΣ.