Θεωρείται ότι κατά το τέλος του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου, οι Ναζί μεταφέρθηκαν στον Νότιο Πόλο κι άρχισαν να κατασκευάζουν βάση στη λίμνη αυτή. Το 1943 ο μέγας ναύαρχος Karl Dontiz, σύμφωνα με τις φήμες, δήλωσε «Ο γερμανικός στόλος υποβρυχίων είναι περήφανος που δημιούργησε ένα απόρθητο φρούριο για τον Φύρερ στην άλλη άκρη του κόσμου», στην Ανταρκτική, όπως μετέδωσε το ρωσικό πρακτορείο ειδήσεων Ria Novosti.
Σύμφωνα με τα ναυτικά αρχεία, μήνες μετά που οι Γερμανοί παραδόθηκαν στους Συμμάχους το 1945, το γερμανικό υποβρύχιο U-530 έφθασε στον Νότιο Πόλο από το λιμάνι του Κιέλου. Τα μέλη του πληρώματος κατασκεύασαν μία σπηλιά από πάγο κι αποθήκευσαν δεκάδες κουτιά με αναμνηστικά από το Γ’ Ράιχ, περιλαμβανομένων και των μυστικών αρχείων του Χίτλερ. Φημολογείται ότι αργότερα το υποβρύχιο U-977 μετέφερε εκεί τις σορούς του Αδόλφου Χίτλερ και της συντρόφου του Εύας Μπράουν για πειράματα κλωνοποίησης. Τα υποβρύχια έπειτα εισήλθαν στα ύδατα του αργεντίνικου λιμένα Μαρ ντελ Πλάτα και παραδόθηκαν στις Αρχές.
Ωστόσο, οι εξερευνητές ελπίζουν ότι με την ανακάλυψη της λίμνης θα μπορέσουν να αποκαλύψουν νέες μορφές ζωής που θα δείχνουν πώς εξελίχθηκε η ζωή από την εποχή των παγετώνων.
Η λίμνη Βοστόκ επίσης προσφέρει μια ματιά στο πώς θα ήταν οι συνθήκες ζωής στον Άρη και στο φεγγάρι του Δία, την Ευρώπη, σύμφωνα με το επιστημονικό πρακτορείο ειδήσεων RedOrbit.