Ο Γρηγόρης Πεπόνης ανέθεσε στον Εισαγγελέα Σπύρο Μουζακίτη να ερευνήσει όσα είχε υποστηρίξει ο Γιώργος Προβόπουλος, ο οποίος μεταξύ άλλων είχε υποστηρίξει στην αρμόδια επιτροπή της Βουλής ότι η δεινή θέση της τράπεζας δεν οφείλεται μόνο στο «κούρεμα» των ομολόγων (PSI) αλλά σε χρόνια δομικά προβλήματα, αναφέροντας ότι τα κέρδη της στην περίοδο 1997-2010 μόλις φθάνουν τα 190 εκατ. ευρώ, παρά τις «κεφαλαιακές ενέσεις» ύψους 4 δισ. ευρώ.
Ο Γιώργος Προβόπουλος είχε πει, επίσης, κάνοντας λόγο για «αστοχίες», ότι τα προηγούμενα χρόνια η ΑΤΕ είχε επενδύσει 1,2 δισ. ευρώ σε θυγατρικές εταιρείες με αποτέλεσμα σήμερα, ύστερα από αλλεπάλληλες απομειώσεις και διαγραφές, να έχουν απομείνει 156 εκατ. ευρώ.
Κατά τον Γιώργο Προβόπουλο, και αυτό θα είναι το βασικό ζητούμενο στην εισαγγελική έρευνα, η τράπεζα προχώρησε σε «επενδύσεις» σε παράγωγα και άλλα «τοξικά» επενδυτικά προϊόντα από τα οποία στην τριετία 2009-2011 επιβαρύνθηκε με ζημιές 285 εκατ. ευρώ.
Αντικείμενο της έρευνας είναι να διακριβωθεί αν στην υπόθεση της Αγροτικής προκύπτει η διάπραξη αδικημάτων που σχετίζονται με την υποβάθμιση της θέσης της και αν ναι, να εντοπιστούν οι υπεύθυνοι.