Στην προσφυγή τους, οι γονείς των κατηγορουμένων υποστηρίζουν ότι με την μεταφορά των παιδιών τους στις φυλακές Γ' Τύπου παραβιάζεται η συνταγματική αρχή της ισότητας η οποία απαγορεύει δυσμενή διακριτική μεταχείριση των κρατουμένων στις φυλακές.
Σύμφωνα με την υπουργική απόφαση, οι κρατούμενοι που θα μεταταχθούν στις φυλακές υψίστης ασφαλείας πρέπει να παραμείνουν εκεί για δύο χρόνια, ίσως και περισσότερο αν συντρέχουν λόγοι επικινδυνότητας. Στις εν λόγω φυλακές, οι κρατούμενοι δεν θα παίρνουν άδειες, δεν αποφυλακίζονται αν δεν έχουν συμπληρώσει 20 χρόνια μέσα στη φυλακή, ενώ είναι λιγοστά και τα επισκεπτήρια.
Στο ΣτΕ έχουν προσφύγει οι γονείς δύο καταδικασθέντων για την υπόθεση των Πυρήνων, του Αλέξανδρου Μητρούσια που καταδικάστηκε σε κάθειρξη 11 ετών και είναι στις φυλακές Κορυδαλλού και του Γιώργου Καραγιαννίδη, που καταδικάστηκε σε κάθειρξη 20 ετών και είναι επίσης στις φυλακές Κορυδαλλού.
Ακόμη, έχουν προσφύγει στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο οι γονείς των εμπλεκομένων στη διπλή ληστεία στην Αγροτική Τράπεζα και στα ΕΛΤΑ στο Βελβεντό Κοζάνης, Ανδρέα –Δημήτρη Μπουρζούκου (καταδικάστηκε σε κάθειρξη 15 ετών και 11 μηνών), Δημήτρη Πολίτη (καταδικάστηκε σε κάθειρξη 11 ετών και 5 μηνών) και Γιάννη Μιχαηλίδη, γνωστού και ως «τοξοβόλου του Συντάγματος» (καταδικάστηκε σε κάθειρξη 16 ετών και 4 μηνών).
Επίσης, έχει προσφύγει ατομικά στο ΣτΕ ο Αναστάσιος Θεοφίλου ο οποίος έχει καταδικαστεί σε κάθειρξη 25 ετών για τη δολοφονία του 53χρονου οδηγού ταξί Δημήτρη Μίχα, στην Πάρο και για ληστεία, ο οποίος είναι ήδη στις φυλακές Δομοκού.