Έζησαν μαζί περισσότερα από 10 χρόνια και απέκτησαν μια κόρη, την 11χρονη σήμερα Ξένια. Η ελληνικής καταγωγής Μαργαρίτα Πούλου, πρώην σύζυγος του υπουργού Οικονομικών Γιάνη Βαρουφάκη, ζει μόνιμα στην Αυστραλία και είναι καθηγήτρια ιστορίας στο UWS (University of Western Sydney).
Το ζευγάρι συνεχίζει να διατηρεί άψογες σχέσεις παρά τα χιλιόμετρα που τους χωρίζουν, μιλούν και φροντίζουν να παίρνουν από κοινού αποφάσεις για την κόρη τους. Η κυρία Πούλου μάλιστα δήλωσε πρόσφατα σε συνέντευξη της στον αυστραλιανό Τύπο για τον Γιάνη Βαρουφάκη ότι έχει θαυμάσια προσωπικότητα η οποία «συναγωνιζόταν τη δική μου».
Ωστόσο, τον θαυμασμό της στο πρόσωπο του Γιάνη Βαρουφάκη φρόντιζε να τον δείχνει και έμπρακτα όπως τον Οκτώβριο του 2013 σε μια ημερίδα για την ιστορία της Ευρώπης που οργάνωσε η ίδια για το πανεπιστήμιο UWS και έλαβε χώρα στην Δημόσια Βιβλιοθήκη της Νότιας Ουαλίας. Τότε, ο Γιάνης Βαρουφάκης ως καθηγητής Οικονομικών επελέγη από την πρώην σύζυγό του να εκφωνήσει τον εναρκτήριο λόγο και να κερδίσει τον θαυμασμό και της αναγνώριση των παρευρισκομένων ενώ και η ίδια τον χειροκρότησε ενθουσιωδώς.
Ο κ. Βαρουφάκης είπε μεταξύ άλλων ότι «Η Ευρώπη υπήρξε φάρος στον παροιμιώδη λόφο της ανθρωπότητας από το τέλος του Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου. Η ενοποίηση των αντίπαλων εθνών έγινε βάσει της λαϊκής εντολής και βασίστηκε στην υπόσχεση ευημερίας για όλους».