Αν και απέφυγε να σχολιάσει κάποιες ακραίες τοποθετήσεις ανθρώπων της εκκλησίας για το σύμφωνο συμβίωσης και την επέκτασή του στα ομόφυλα ζευγάρια, ο Αρχιεπίσκοπος τάχθηκε ενάντια στην ψήφισή του.Ο Αρχιεπίσκοπος τόνισε ότι το θέμα ίσως δεν θα έπρεπε να περάσει από τη Βουλή και να γίνει νόμος. «Ενα τέτοιο θέμα, που είναι προσωπική επιλογή κάποιων ανθρώπων, πρέπει να μπει στο οικογενειακό δίκαιο; Πρέπει να πάει στη Βουλή και να γίνει νόμος του κράτους;», δήλωσε ο κ. Ιερώνυμος σε συνέντευξή του στο Mega.
Στο θέμα της καύσης των νεκρών από την άλλη, και τη δημιουργία αποτεφρωτηρίου στην Αθήνα, εξήγησε πως είναι δικαίωμα του καθενός να επιλέγει την καύση, ωστόσο αυτό αντίκειται στα πιστεύω της Ορθόδοξης Εκκλησίας και ως εκ τούτου τα αποτεφρωτήρια δεν μπορούν να λειτουργήσουν εντός των κοιμητηρίων, συμπλήρωσε.
Οταν κλήθηκε να σχολιάσει την καλή σχέση του με τον πρωθυπουργό, ο Αρχιεπίσκοπος σημείωσε ότι δεν είναι σύμβουλος του Αλέξη Τσίπρα, ενώ συμπλήρωσε ότι μπορούν να κουβεντιάζουν καλά.
Η προσφυγική κρίση θα είναι το πρόβλημα του αιώνα, εκτίμησε ο κ. Ιερώνυμος, ο οποίος μιλώντας για τα αίτια αυτής, τόνισε:
«Γιατί έφυγαν; Γιατί τους βομβαρδίσαμε εμείς. Η πολιτισμένη Ευρώπη τους βομβάρδισε. Τους έβγαλε από τα σπίτια τους, τους δημιούργησε αυτό το ρεύμα. Αυτοί έρχονται προς τα εδώ, πνίγονται στη θάλασσα, εμείς τους υποδεχόμαστε και τώρα πάνε προς την Ευρώπη και βλέπουν τους πασσάλους που βάζουν για να μην περάσουν. Οι ένοχοι δεν πρέπει να αναλάβουν τις ευθύνες τους; Ή θα τους αποκλείσουν και θα επιστρέψουν πίσω στην Ελλάδα;».
Παράλληλα, ο κ. Ιερώνυμος εμφανίστηκε επιφυλακτικός σχετικά με την κατασκευή και λειτουργία ισλαμικού τεμένους στην Αθήνα. Αν και χαρακτήρισε δικαίωμα του καθενός να έχει έναν λατρευτικό χώρο για να τις θρησκευτικές του υποχρεώσεις, τόνισε πως δεν πρέπει να υπάρξει βιασύνη στο θέμα και πρόσθεσε:
«Κάτω από το σημερινό καθεστώς θα είναι αφέλεια να τρέξουμε, χωρίς να ξέρουμε ποιος θα το διοικεί. Χωρίς να ξέρουμε αν θα είναι χώρος προσευχής ή αν είναι τόπος διδασκαλίας και φονταμενταλιστικός», τόνισε.