Ο κ. Φλαμπουράρης, μαζί με τον κ. Τζανακόπουλο και τον κ. Καλογήρου είχαν αναλάβει τον συντονισμό όλων των υπουργών για την προώθηση του κυβερνητικού έργου.
Η απουσία του έγινε αισθητή ειδικά το τελευταίο διάστημα, μετά τις επιθέσεις που έγιναν στο σπίτι του στα Εξάρχεια.
Ωστόσο, η «εξαφάνιση» του Αλέκου Φλαμπουράρη παρατηρείται σταδιακά από την 31η Ιανουαρίου και μετά. Είναι η μέρα που πραγματοποιείται σύσκεψη, υπό τον Αλέξη Τσίπρα, γιατί η Ελλάδα καθυστερεί στη δημιουργία των hot spots, οι ευρωπαίοι και η Κομισιόν απειλούν την χώρα μας με έξοδο από την ζώνη Σένγκεν και αναλαμβάνει την κατασκευή των hot spots ο στρατός.
Μέχρι εκείνη την στιγμή υπεύθυνος για τον συντονισμό για το προσφυγικό ήταν ο Αλέκος Φλαμπουράρης. Ωστόσο από τότε σταδιακά χάνει την αρμοδιότητα και πλέον δεν συμμετέχει στις συσκέψεις που γίνονται.
Στις τελευταίες συσκέψεις υπό τον Αλέξη Τσίπρα για το προσφυγικό συμμετέχουν ο υπουργός Άμυνας Πάνος Καμμένος, ο υπουργός Εξωτερικών Νίκος Κοτζιάς, ο αναπληρωτής υπουργός Μεταναστευτικής Πολιτικής Γιάννης Μουζάλας, ο αναπληρωτής υπουργός Προστασίας του Πολίτη Νίκος Τόσκας, ο υπουργός Ναυτιλίας, Θοδωρής Δρίτσας και ο αναπληρωτής υπουργός Ευρωπαϊκών Υποθέσεων Νίκος Ξυδάκης.
Πηγές του Μεγάρου Μαξίμου αναφέρουν ότι ο Αλέκος Φλαμπουράρης ασχολείται με το προσφυγικό και το μεταναστευτικό, αλλά δευτερευόντως:
«Συντονίζει, για παράδειγμα, αν πρέπει να φύγουν δυο φορτηγά με νερά για κάποιον καταυλισμό», αναφέρουν οι πληροφορίες από το Μέγαρο Μαξίμου.