Όπως αναφέρει δημοσίευμα της εφημερίδας Real News, που αποκαλύπτει τη μυστική συνάντηση του Αρχιεπισκόπου με τον Αλέξη Τσίπρα, ο κ. Ιερώνυμος έθεσε στον πρωθυπουργό θέμα «αντικληρικής δράσης» τριών υπουργών.
Ο πρώτος υπουργός για τον οποίο διατύπωσε παράπονα ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών ήταν ο Νίκος Φίλης. «Έχω μεγάλη δυσκολία συνεργασίας μαζί του. Δεν μπορώ να συνεργαστώ. Είναι ιδεοληπτικός», είπε σύμφωνα με την εφημερίδα ο κ. Ιερώνυμος αναφερόμενος στον υπουργό Παιδείας και συνέχισε: «Άλλα λέει και άλλα κάνει». Παρέδωσε μάλιστα στον πρωθυπουργό και επιστολή της Ιεράς Συνόδου για το θέμα των επισκέψεων μητροπολιτικών στα σχολεία, κάτι με το οποίο αντιτίθεται ο Νίκος Φίλης, που δεν θέλει να διδάσκουν στα σχολεία ιεράρχες.
Σημείο τριβής ανάμεσα στην Αρχιεπισκοπή και το υπουργείο Παιδείας είναι το ζήτημα της διδασκαλίας θρησκευτικών στα σχολεία. Ο Αρχιεπίσκοπος έθεσε στον πρωθυπουργό τρεις κόκκινες γραμμές προκειμένου η Εκκλησία να καθίσει στο τραπέζι του διαλόγου για τα θρησκευτικά με την πολιτεία. Πρώτον, να εξακολουθήσει να υπάρχει ο υποχρεωτικός χαρακτήρας του μαθήματος, δεύτερον να μην υπάρξει μείωση των ωρών διδασκαλίας που ισχύουν σήμερα και τρίτον να παραμείνει ο ορθόδοξος χαρακτήρας του μαθήματος.
Όπως αναφέρει το δημοσίευμα, ο Αρχιεπίσκοπος δεν ζήτησε από τον πρωθυπουργό την παραίτηση του Νίκου Φίλη αλλά, όπως αναφέρει η Real News, περιμένει τον ανασχηματισμό για να δει ποιες είναι οι πραγματικές διαθέσεις του Μαξίμου απέναντί του.
Όμως ο υπουργός Παιδείας δεν είναι ο μοναδικός από τον οποίο έχει παράπονα ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος. Ο υπουργός Εργασίας Γιώργος Κατρούγκαλος και Περιβάλλοντος Πάνος Σκουρλέτης, κατηγορούνται πως υποθάλπουν και τροφοδοτούν τις αξιώσεις που έχει το Οικουμενικό Πατριαρχείο, αξιώσεις που έχουν στο στόχαστρο τους -όπως τονίζουν- την Εκκλησία της Ελλάδος.
Επιπλέον, πάντα σύμφωνα με το δημοσίευμα, τρεις μέρες μετά στην Αρχιεπισκοπή βρέθηκε ο υπουργός Παιδείας Νίκος Φίλης, με τη συνάντηση όχι μόνο να αποβαίνει άκαρπη, αλλά να σημειώνεται και φραστικό επεισόδιο των δυο ανδρών.