Έχασε τη "μάχη" ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας ο Δήμος Θεσσαλονίκης καθώς απορρίφθηκε η προσφυγή του κατά της μεταφοράς και επανατοποθέτησής των αρχαιοτήτων που αποκαλύφθηκαν στο πλαίσιο κατασκευής του Μητροπολιτικού Σιδηροδρόμου Θεσσαλονίκης στο σταθμό Βενιζέλου.Συγκεκριμένα ο Δήμος ζητούσε από το Συμβούλιο της Επικρατείας να ακυρωθεί ως αντισυνταγματική και παράνομη η απόφαση του 2014 του υπουργού Πολιτισμού και Αθλητισμού, με την οποία (κατόπιν γνωμοδότησης του ΚΑΣ), αποφασίσθηκε η έγκριση της προστασίας και ανάδειξης των αρχαιοτήτων που αποκαλύφθηκαν στο υπό κατασκευή σταθμό Βενιζέλου του Μετρό, με τη μεταφορά και την επανατοποθέτηση των αρχαιοτήτων μέσα στο σταθμό, μετά την κατασκευή του.
Μεταξύ άλλων ο Δήμος Θεσσαλονίκης υποστήριζε ότι επίμαχη υπουργική απόφαση παραβιάζει τη συνταγματική αρχή της αναλογικότητας, αφού επιλέχθηκε η πλέον δυσμενής για την προστασία του πολιτιστικού περιβάλλοντος λύση, η οποία καταλήγει στην οριστική εξαφάνιση του συγκεκριμένου ιστορικού μνημείου ως ενιαίου συνόλου. Επιπλέον στη προσφυγή υποστηριζόταν ότι η επίδικη υπουργική απόφαση είναι αντίθετη στην αρχαιολογική νομοθεσία και ειδικά στον νόμο 3028/2002 για την προστασία των αρχαιοτήτων και της πολιτιστικής κληρονομιάς και επιπλέον πως είναι μη νόμιμη, αφού "πάσχει από έλλειψη επαρκούς, ειδικής και εμπεριστατωμένης αιτιολογίας" καθώς και ότι πριν την έκδοση της δεν υπήρχε εισήγηση της αρμόδιας υπηρεσίας αναστήλωσης του υπουργείου Πολιτισμο.
Τελικά το Ε΄ Τμήμα του ΣτΕ με την υπ΄ αρθμ. 2611/2016 απόφασή του απέρριψε την προσφυγή του Δήμου Θεσσαλονίκης.
Μεταξύ άλλων το ΣτΕ έκρινε πως η επίμαχη υπουργική απόφαση είναι νόμιμη με το σκεπτικό πως ο υπουργός Πολιτισμού εξέτασε : "Όλες τις προταθείσες λύσεις και επιπροσθέτως έλαβε υπόψη και αξιολόγησε τις προτάσεις των ενδιαφερομένων φορέων (Δήμου Θεσσαλονίκης, επιστημονικών φορέων, κ.λπ.) και διερεύνησε τη δυνατότητα κατάργησης ή μεταφοράς του σταθμού Βενιζέλου, αλλά και τη δυνατότητα κατασκευής του σταθμού χωρίς την απόσπαση των αρχαιοτήτων, κατέληξε δε εν τέλει, κατά συνεκτίμηση και της μεγάλης σημασίας του έργου για τους κατοίκους, τη Θεσσαλονίκη αλλά και την ανάπτυξη εν γένει της χώρας, στην έγκριση της λύσης η οποία προβλέπει τον ανασχεδιασμό από κατασκευαστική και λειτουργική άποψη του σταθμού Βενιζέλου προκειμένου τα αρχαία κατάλοιπα να επανατοποθετηθούν στο μεγαλύτερο μέρος τους στην αρχική τους θέση, μετά την προσωρινή απόσπασή τους, την οποία ενέκρινε υπό όρους". Επιπλέον στην απόφαση του ΣτΕ επισημαίνεται πως από την γνωμοδότηση του ΚΑΣ προκύπτει ότι η απόσπαση των αρχαιοτήτων δεν αποφασίσθηκε με σκοπό την αρχαιολογική έρευνα των υποκειμένων στρωμάτων εδάφους, αλλά διότι κρίθηκε ότι η απόσπαση είναι αναγκαία για την προστασία των αρχαιοτήτων και την ολοκλήρωση της κατασκευής του σταθμού.
Σημειώνεται πως οι αρχαιότητες του 4ου αιώνα και των πρωτοβυζαντινών χρόνων (6ος-7ος αιώνας) αποκαλύφθηκαν στη συμβολή των οδών Εγνατίας και Βενιζέλου.